Mengacu kepada tujuan pendirian Yayasan, maka disusun program Yayasan sebagai berikut:
1.Program kerja jangka pendek

Meningkatkan upaya pengelolaan TK Islam, SD Islam Terpadu, dan  Madrasah Diniyah secara professional.

Mewajibkan guru kelas untuk mengaitkan setiap pelajaran umum dengan dalil-dalil keagamaan berupa berupa Ayat-ayat Allah (qauliyah dan qauniyah) dan Hadits.Menanamkan akhlakul karimah dalam teori dan praktek di dalam lingkungan sekolah antara murid, guru dan karyawan.

Menerapkan metode quantum learning guna membantu merangsang daya serap dan daya piker anak-anak terhadap pelajaran.

Mengadakan pendidikan/pelatihan kepala sekolah, dewan guru serta karyawan dalam rangka meningkatkan SDM sesuai tuntutan tugas dan profesinya.

Mewajibkan para Ibu orang tua murid atau kuasanya untuk berbusana muslimah setiap berkunjung ke sekolah.

Meningkatkan pembinaan remaja Masjid Al-Amanah dengan mengadakan kursus-kursus dan latihan keterampilan serta kegiatan-kegiatan lain yang bersifat positif.

Memasang AC di setiap kelas untuk mendukung suasana belajar yang nyaman.

Menyelenggarakan kursus bahasa inggris dan sempoa untuk tingkat SD.

 
2.Program kerja jangka menengah
Menambah/membangun lantai III gedung SDIT Al-Amanah.
Menambah fasilitas ruangan Masjid Raya Al-Amanah untuk menampung aktifitas ibadah murid SDIT Al-Amanah.
Membangun kantor sekretariat Yayasan Al-Amanah.
Mengadakan pendidikan tingkat SLTP yakni Sekolah Menengah Pertama Islam terpadu (SMPIT).
Mengembangkan kursus keterampilan, bahasa dan bimbingan belajar pada jenjang yang lebih tinggi seperti SMP dan SMU.
Menyelenggarakan Bimbingan Ibadah Haji.
 
3.Program kerja jangka panjang
Mengembangkan operasional pengeiolaan Yayasan Al-Amanah dengan membangun Islamic Center yang mampu melayani kepentingan umat dalam berbagai bidang :
Peribadatan : Masjid
Pendidikan: TKI s.d Perguruan Tinggi Islam
Dakwah : Buletin Islam
Kesehatan: Poliklnik/Rumah Sakit Islam
Sosial: Panti Asuhan dan sebagainya.